Когда-то здесь были древние поселения. Кто именно в них жил сказать сложно, но эти люди оставили после себя множество языческих курганов. Потом этот населенный пункт оформился в богатое село на Братеевском холме, но откуда пошло название Братеево точно не известно.
Кто-то утверждает, что первого владельца села или первопоселенца звали Братей. Он умер, а его имя прижилось и живет до наших дней. Другие вспоминают встречу и «братание» войска Дмитрия Донского и его двоюродного брата — князя Владимира Андреевича Серпуховского, шедших на Куликовскую битву. Третьи заглядывают в документы и напоминают, что раньше села рядом с Братеевом, принадлежали Борису Годунову (Борисово), а соседнее — его брату Семену. Вот Борис при дворе и рассказывал о Братеевом селе, так и повелось. Еще одна мрачная легенда, говорит о море, начавшемся во времена правления Екатерины II. Тогда погибли все жители села, выжили только двое братьев. Так что всем было понятно, где то место, Братеево. С братьями связана и другая легенда: основали его братья, высадившиеся с плота и построившими здесь деревянную церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Как бы то ни было, живущие раньше люди были заняты своими заботами и о названиях особо не думали. Занимались огородом, ходили на Городню и Москва-реку рыбу ловить. В Москву плавали торговать. Именно плавали, моста тогда не было, пользовались паромами, которые так и остались в названии Паромной улицы. В свободное время купались в Борисовских прудах, а если худо станет ходили к целебным источникам, что на Ключевой улице, теперь заасфальтированной. Первое упоминание в летописи о Братееве датировано 1628 годом, когда оно являлось присёлком дворцового села Коломенского. В это время в нем уже стояла деревянная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Согласно писцовой книге 1633 гогда в приходе храма было 25 дворов.
После отмены крепостного права Братеево вошло в состав административной Царицынской волости. По данным 1876 г., здесь было 80 хозяйств, лавка, питейный дом, трактир. Жители Братеева понемногу отходили от садоводства. Так, в 1881 году 64 человека, в основном женщины, изготовляли гильзы для папирос, 55 человек занимались намоткой хлопчатобумажной нити на катушки. В селе отмечено 3 мастерские по изготовлению канители — тонкой металлической нити, используемой в золотошвейном и позументном производстве. В них работало 6 человек. Крестьянские дети набирались ума-разума в Борисовском земском училище.
В 1890 года была завершена постройка нового каменного храма. В 1892 году состоялось освящение храма с двумя престолами — главным во имя св. Иоанна Предтечи и боковым — во имя св. Архангела Михаила. Он был воздвигнут «в византийском стиле», с тремя поставленными в ряд престолами и обширным куполом. Располагался храм на высоком месте, за селом.
Шло время. В начале ХХ века многие садоводческие хозяйства близ Москвы терпели убытки, не выдерживая конкуренции с товарами, привозимыми по железной дороге. Однако в Братееве дела шли не так уж и плохо. Сады не вырубали, выращивали в них по большей части малину. Огороды засаживали капустой, огурцами, свеклой, редькой. Сбывали овощи в том числе и в самом Братееве, в селе было две овощные лавки. Взрослые ходили в трактир, а дети в церковно-приходскую школу.
При советской власти, деревянная церковь была разрушена, а каменная переделана в клуб, а потом также разрушена. Село стало колхозом «Путь Ильича». В 1960 году села Братеево и Борисово вошли в состав Москвы, сначала в Пролетарский район, а с 1969 года — в Красногвардейский. В 1980-е годы село Братеево было полностью снесено при строительстве нового жилого района Братеево.
В 1991 году Москва разделилась на административные округа, Братеево стало частью Южного административного города. Округа в свою очередь было решено поделить на муниципальные образования, причем Братеево участвовало в «пилотном проекте» этого разделения. Впрочем, уже в 1995 году бывшее село Братеево перестало быть муниципальным округом и стало районом. В 1996 году в Братееве снова появился храм — Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи в Братееве.
Сегодня граница района Братеево проходит по оси русла реки Городни, далее по восточным границам Борисовского пруда и владения № 29 по улице Борисовские Пруды, оси русла реки Москвы, по городской черте Москвы (внешней границе полосы отвода Московской кольцевой автомобильной дороги, включая все транспортные развязки улиц и дорог) до Бесединского путепровода, далее на северо-запад по оси проезда на Братеевский мост до реки Городни.
